สถาบันวิจัยสุขภาพสัตว์น้ำ เกิดขึ้นจากการที่ กลุ่มวิจัยโรคสัตว์น้ำ สถาบันประมงน้ำจืดแห่งชาติ ได้รับความร่วมมือ และประสานงานเป็นอย่างดี จากหน่วยงานต่างๆ ทั้งใน และต่างประเทศ เช่น สำนักงานคณะกรรมการวิจัยแห่งชาติ, มหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์, FAO-UNDP, CIDA, USIAD, IDRC ทำให้ กลุ่มวิจัยโรคสัตว์น้ำได้พัฒนา และขยายบทบาทหน้าที่ ของกลุ่มออกไปอย่างกว้างขวาง และครอบคลุมไปถึงปัญหาโรคสัตว์น้ำ ทุกชนิดทั้งที่อาศัยในน้ำจืด น้ำกร่อย และน้ำทะเล ในเดือนกุมภาพันธ์ พ.ศ. 2534 ทาง OVERSEAS DEVELOPMENT ADMINISTRATION หรือ ODA ก็ได้ให้ความช่วยเหลือ ด้านงบประมาณ แก่กรมประมงในการก่อตั้ง สถาบันวิจัยสุขภาพสัตว์น้ำขึ้น แทนกลุ่มวิจัยโรคสัตว์น้ำ เพื่อให้เป็นศูนย์กลางของโครงการ การควบคุมโรคสัตว์น้ำ ในเอเชียตะวันออกเฉียงใต้

**********************************************************