รวมรวมพ่อแม่พันธุ์จากธรรมชาติ โดยให้ได้พ่อแม่พันธุ์ที่จับคู่กันอยู่จะช่วยให้พ่อแม่พันธุ์วางไข่ได้เร็วขึ้น ถ้าไม่สามารถหาพันธุ์เป็นคู่จากธรรมชาติได้ ก็สามารถจับคู่ให้ปลาการ์ตูนได้ ปลาตัวเมียจะมีขนาดใหญ่และอาจมีท้องอูมเป่ง ส่วนตัวผู้เลือกขนาดเล็กและท้องเรียบ หลังการจับคู่ให้ปลาแล้วต้องคอยสังเกตว่าปลาจะยอมรับกันหรือไม่ ถ้าปลาตัวเมียไล่กัดตัวผู้แสดงว่าปลาไม่ยอมรับกันให้รีบเปลี่ยนคู่

่่ี่่          

             ใช้ตู้กระจกที่มีระบบกรองน้ำแบบกรองทรายภายในตู้ โดยใส่แผงกรองรองพื้นตู้ ใช้กรวด ซากปะการังหรือเศษเปลือกหอย เป็นวัสดุกรอง ใส่วัสดุสำหรับให้พ่อแม่พันธุ์ปลาผสมวางไข่ เช่น ก้อนหินผิวเรียบหรือหอยตะโกรม (ปลาจะวางไข่ด้านในของเปลือกหอย) ดอกไม้ทะเลเป็นสัตว์ป่าคุ้มครอง บุคคลทั่วไปไม่สามารถมีในครอบครองได้ ดังนั้นไม่ควรนำมาใช้เป็นอุปกรณ์เพาะพันธุ์ปลาการ์ตูน เนื่องศูนย์วิจัยและพัฒนาประมงชายฝั่งกระบี่พบว่าพ่อแม่พันธุ์ปลาการ์ตูนส้มขาวที่เลี้ยงในตู้กระจกโดยไม่ใช้ดอกไม้ทะเลสามารถที่จะวางไข่ในตู้กระจกได้ส่วนการอนุบาลลูกปลาการ์ตูนและการเลี้ยงปลาการ์ตูนที่ได้จากโรงเพาะฟักพบว่าไม่จำเป็นต้องใช้ดอกไม้ทะเล

            น้ำที่ใช้เลี้ยงพ่อแม่พันธุ์ปลาการ์ตูนควรเป็นน้ำทะเลที่มีความเค็มประมาณ 28-33 ppt ก่อนน้ำมาใช้จะทำการฆ่าเชื้อในน้ำด้วยคลอรีน ความเข้มข้น 15-25ppm และเป่าลมจนคลอรีนสลายหมด ในตู้กระจกจะใส่น้ำประมาณ 150 ลิตร เปลี่ยนถ่ายน้ำสัปดาห์ละ 1-2 ครั้ง (ไม่ต้องนำปลาออกจากตู้) ในช่วงบ่าย ครั้งละ 70-80% พร้อมกับทำความสะอาดตู้ (บริเวณด้านข้างตู้) ควรล้างทรายในตู้เดือนละ ประมาณ 1 ครั้ง ก่อนล้างนำปลาออกจากตู้ก่อน

               น้ำที่นำมาใช้นอกจากการฆ่าเชื้อด้วยคลอรีนแล้ว น้ำที่ผ่านระบบกรองทรายก็น่าจะใช้ได้ผลดีในแหล่งที่จัดหาน้ำทะเลไม่ใด้ การใช้น้ำทะเลเทียมประกอบกับระบบกรองที่มีประสิทธิภาพ ดีกว่าการรองทรายก็มีความเป็นไปได้ ทั้งนี้ผู้เลี้ยงต้องมีความรู้ในการควบคุมสภาพน้ำในระบบปิดเป็นอย่างดี

       ใช้เนื้อกุ้งสับละเอียดหรืออาร์ทีเมียตัวใหญ่(ตัวเต็มวัย) เป็นอาหารสำหรับเลี้ยงพ่อแม่พันธุ์ให้อาหารกินจนอิ่ม วันละ 2 ครั้ง ในเวลา 09.00 น. และ 15.00 น. พบว่าปลามีสุขภาพดี ให้ไข่สม่ำเสมอและลูกปลาวันอ่อนแข็งแรงดี

             ก่อนที่ปลาจะวางไข่ 2-5 วัน ปลาตัวผู้จะเลือกวัสดุและทำความสะอาด โดยใช้ปากตอด ใช้ครีบอกและครีบหากโบกพัดสิ่งอื่น ๆ ที่ติดอยู่ผิดหน้าของวัสดุให้หลุดไป เมื่อใกล้วางไข่ ปลาตัวเมียจะมีท้องอูมเป่งใหญ่กว่าปกติ และมีท่อนำไข่โผล่ยาวออกมาประมาณ 4-5 มิลลิเมตร หลังจากนั้น ปลาจะเริ่มวางไข่ภายใน 1 ชั่วโมง แม่ปลาจะวางไข่ติดกับวัสดุที่เลือกไว้แล้ว โดยวางเป็นชุด พ่อปลาก็จะปล่อยน้ำเชื้อเข้าผสม เมื่อวางไข่เสร็จพ่อปลาจะเฝ้าดูแลไข่ด้วยการโบกพัดด้วยครีบ ใช้ปากตอด และเก็บไข่เสียออก แม่ปลาจะเข้าช่วยโบกพัดเป็นครั้งคราว ใช้เวลาประมาณ 7-8 วัน ไข่ก็พร้อมที่จะฟักออกเป็นตัว

              ปลาการ์ตูนสามารถที่จะวางไข่ได้ประมาณ เดือนละ 2 ครั้ง ครั้งละ 500-1,000 ฟอง ขึ้นกับขนาดและความสมบูรณ์ของพ่อแม่พันธุ์ ในการวางไข่ชุดแรก พบว่าปลามักจะกินไข่ของตัวเองหมดเนื่องจากเกิดอาการตกใจ แต่เมื่อวางไข่ชุดหลังปลาจะเริ่มเคยชินกับการถูกรบกวนและจะไม่กินไข่ของตัวเองอีก

        หลังจากการวางไข่ 7-8 วันแล้ว ไข่พร้อมที่จะฟักเป็นตัว สังเกตได้จากตาของตัวอ่อนในไข่มีสีเงินวาว ในตอนเย็นนำใข่ที่พร้อมจะฟักออกเป็นตัวซึ่งติดอยู่กับก้อนหินหรือเปลือกหอยไปฟักในถังขนาด 500 ลิตร เติมน้ำทะเลสะอาด 300 ลิตร โดยอาศัยแรงลมดันน้ำไหลผ่านไข่ปลาเบา ๆ ลูกปลาจะฟักออกจากไข่ในเวลากลางคืน จากนั้นจึงนำวัสดุและอุปกรณ์การฟักออก