การบริหารจัดการทางด้านการประมงของไทยจึงเริ่มจัดการบริหารจัดการทางการประมงขึ้น ในปี พ.ศ. 2444   โดยให้เสนาบดีกระทรวงมหาดไทยในขณะนั้น  ได้สั่งการให้กรมสรรพากรจัดเก็บภาษีค่าน้ำ ในปี 2457 และได้สั่งการให้มีการจัดและบริหารทางด้านการประมง  เพื่อการมุ่งประโยชน์  3  ประการ คือ  1. การสร้างผลผลิตอาหารสัตว์น้ำให้มีปริมาณเพียงพอแก่ประชาชนในประเทศ 2. การสร้างผลผลิตสัตว์น้ำให้เป็นรายได้ของประเทศ  3. การเก็บภาษีอากรสัตว์น้ำ   แต่ในความเป็นจริงแล้วการบริหารจัดการทางด้านประมงเน้นทางด้านการเก็บภาษีเพียงอย่างเดียวในขณะนั้นเพราะว่าในช่วงนี้ยังขาดผู้มีความรู้ทางด้านการประมง จึงได้หาผู้มีความรู้ทางด้านนี้เข้ามาช่วยดูแลซึ่งได้แก่  ม.ร.ว.สุพรรณ  สนิทวงศ์  โดยท่านเล็งเห็นว่าสัตว์ที่ท่านได้สำรวจในพื้นที่ของเขตพื้นที่ทำนาในอำเภอรังสิตเดิมมีปลาชุกชุมมาก แต่เมื่อมีการจับอยู่ตลอดเวลา  ทำให้ปลามีจำนวนลดลงและมีขนาดเล็ก ท่านจึงตระหนักว่าถ้าปล่อยให้เป็นเช่นนี้ปลาจะสูญพันธุ์   ท่านจึงได้นำความมาปรึกษาท่านเจ้าพระยาพลเทพฯ ซึ่งในขณะนั้นดำรงตำแหน่งเสนาบดีกระทรวงเกษตราธิการ  เพื่อเสนอต่อคณะรัฐบาล  (ในสมัยรัชกาลที่ 6) ซึ่งรัฐบาลในขณะนั้นก็เห็นด้วย  จึงจัดให้มีการจัดการทางด้านการประมงขึ้น

          เมื่อได้จัดแบ่งหน้าที่กันเรียบร้อยร้อยแล้ว (เฉลิม  โกมาลากุล ณ นคร)   ได้จัดตั้งหน่วยเพาะพันธุ์ปลาหรือหน่วยงานบำรุงและรักษาสัตว์น้ำ ขึ้นในปี  2464 โดยให้ขึ้นตรงต่อกระทรวงเกษตราธิการ   และพระยาเมธีธิบดีได้เสนอ     กระทรวง      เกษตราธิการว่าจะทาบทาม  Dr Hugh M. smith, MD.,LL.D  ผู้เคยเป็น Commissioner   of   fisheries  U.S.A     ให้เข้ามาเป็น   Adviser  in  fisheries  to  His  Siamese  Majesty's   Govermment  ในปี 2466 โดยจัดสำนักงานให้ที่วังสุริยง  (นางเลิ้ง) งานขั้นแรกที่ต้องทำคือการสำรวจว่าสัตว์น้ำที่มีอยู่ในประเทศไทยมีมากน้อยเท่าใด  เพื่อนำมาประกอบการเพาะพันธุ์  การบำรุงพันธุ์พันธุ์สัตว์น้ำ เพื่อขยายผลในเชิงอุตสาหกรรมต่อไป  ซึ่งผลในการสำรวจจะจำแนกในทางชีววิทยา  โดยมีภาพประกอบและจัดรวบรวมไว้เป็นหมวดหมู่  โดยการสำรวจในน่านน้ำจืด  และในน่านน้ำทะเล  ทั่วราชอาณาจักรไทย และจัดกลุ่มเป็นหมวดหมู่  พร้อมทั้งบังได้เขียนหนังสือที่กล่าวถึงทรัพยากรในประเทศไทยซึ่งรู้จักในนามของหนังสือ " อนุกรมวิธาน "  และยังเขียนบทวิจารณ์ถึงทรัพยากรของประเทศไทยพร้อมทั้งให้คำอธิบายและรายละเอียดและข้อแนะนำในการบริหารจัดการอนุรักษ์ทรัพยากรสัตว์น้ำของประเทศไทย โดยเขียนหนังสือที่ชื่อ  A Review of the Aquatic Resources and Fisheries of Siam,with Plans and Recommendation for the Administration,Conservation and Development   เสนอต่อกระทรวงเกษตราธิการและได้นำเสนอทูลเกล้าฯและอนุมัติให้มีการตีพิมพ์เผยแพร่  หลังจากนั้นก็มีการบำรุงพันธุ์สัตว์น้ำ  สมเด็จพระราชบิดามหิดลอดุลยเดชกรมหลวงสงขลานครินทร  ประทานทรัพย์ส่วนพระองค์เป็นทุนให้กระทรวงเกษตราธิการจัดส่งข้าราชการหรือนักเรียน  จำนวน 2 ทุนเพื่อให้ไปศึกษาเล่าเรียนทางด้านการเพาะเลี้ยงสัตว์น้ำตลอดระยะเวลา 6 ปี  เจ้าพระยาพลเทพ เสนาบดีกระทรวงเกษตราธิการ   ได้เข้าเฝ้าทูลละอองธุลีพระบาท สมเด็จพระปรมินทรมหาประชาธิปก พระปกเกล้าเจ้าอยู่หัว  ได้นำความในโครงการเพาะพันธุ์ปลาขึ้นกราบบังคมทูลพร้อมทั้งนำพระประสงค์ของสมเด็จพระเจ้าพี่ยาเธอ เจ้าฟ้ากรมขุนสงขลานครินทร  (สมเด็จพระ       มหิตลาธิเบศร อดุลยเดชวิกรม พระบรมราชชนก) ในเรื่องที่ประทานพรกรุณาอุดหนุนการศึกษาวิชาเพาะพันธุ์ปลา ขึ้นกราบบังคมทูลพระกรุณาทรงทราบใต้ฝ่าละอองธุลีพระบาท     ทรงพระกรุณาโปรดเกล้าโปรดกระหม่อมพระราชทานพระบรม      ราชานุญาตให้กระทรวงเกษตราธิการ รับฉลองพระเดชพระคุณตามประสงค์ของสมเด็จพระเจ้าพี่ยาเธอ เจ้าฟ้ากรมขุนสงขลานครินทร กระทรวงเกษตราธิการ จึงประกาศคัดเลือกบุคคลเพื่อสอบคัดเลือกทุนในการไปศึกษาทางด้านการประมง ในชุดแรกเพื่อศึกษา ณ. ประเทศสหรัฐอเมริกา  ใน ปี 2469 มีผู้รับทุนในครั้งแรก 2 ทุนคือหลวงจุลชีพพิชชาธร (จุล วัจนคุปต์) และ      นายบุญ อินทรัมพรรย์  ในนามของทุน " มหิดล"  แต่ทุนยังเหลืออยู่จึงเปิดคัดเลือกเพิ่มอีก  และผู้ที่สอบคัดเลือกผ่านคือ       นายโชติ สุวัตถิ  และต่อมาก็ได้มีพระบรมราชโองการ ลงวันที่ 21 กันยายน พ.ศ.2469 ให้ตั้งกรมรักษาสัตว์น้ำขึ้นในกระทรวงเกษตราธิการ  ได้ทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯ ให้ ดร.ฮิว แมคคอร์มิค สมิท เป็นเจ้ากรมรักษาสัตว์น้ำ สำหรับที่ตั้งกรมรักษาสัตว์น้ำก็ยังคงต้องอยู่ ณ  ที่เดิม ในเดือนพฤศจิกายน พ.ศ.2471 หลวงจุลชีพพิชชาธร (จุล วัจนคุปต์) นักเรียนทุนของสมเด็จพระมหิตลาธิเบศร อดุลยเดชวิกรม พระบรมราชชนกได้สำเร็จการศึกษามา  กระทรวงเกษตราธิการได้มีคำสั่งบรรจุเข้ารับราชการ เป็นผู้ช่วยเจ้ากรมรักษาสัตว์น้ำ

็และได้มีพระบรมโองการ  ให้ตั้งกรมรักษาสัตว์น้ำขึ้นในกระทรวงเกษตราธิการ  เมื่อรัฐบาลได้ประกาศตั้งกรมรักษาสัตว์น้ำ ในปีเดียวกัน ในวันที่ 27 กันยายน พ.ศ. 2469 ก็ได้ทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯ ให้ ดร.ฮิว แมคคอร์มิค สมิท เป็นเจ้ากรมรักษาสัตว์น้ำ   ต่อมา  หลวงจุลชีพพิชชาธร (จุล วัจนคุปต์)  ได้สำเร็จการศึกษาและดูงานเสร็จได้เดินทางกลับมากระทรวงเกษตราธิการได้มีคำสั่งบรรจุเข้ารับราชการ เป็นผู้ช่วยเจ้ากรมรักษาสัตว์น้ำ     ส่วนนายบุญ อินทรัมพรรย์ ซึ่งเป็นนักเรียนทุนของสมเด็จพระมหิตลาธิเบศ อดุลยเดชวิกรม   ได้สำเร็จการศึกษาและเสร็จสิ้นการดูงาน ได้เดินทางกลับถึงประเทศไทย  กระทรวงเกษตราธิการได้มีคำสั่งบรรจุเข้ารับราชการในตำแหน่งปลัดกรมชั้น  2  กรมรักษาสัตว์น้ำ  เมื่อเจ้าพระยาพลเทพได้กราบบังคมลาออก จากตำแหน่งเสนาบดีกระทรวงเกษตราธิการ  ได้ทรงโปรดเกล้าฯ  ให้เจ้าพระยาพิชัยญาติ  (ดั่น บุนนาค)  เป็นเสนาบดี  กระทรวงเกษตราธิการสืบต่อไป   ส่วนราชการกระทรวงเกษตราธิการเมื่อ พ.ศ.2473 ได้แบ่งออกเป็น 10 กรม และยังคงมีกรมรักษาสัตว์น้ำรวมอยู่ด้วย    ในปี พ.ศ. 2474  ทรงพระกรุณา โปรดเกล้าฯ ให้หลวงจุลชีพพิชชาธร (จุล วัจนคุปต์) เป็นเจ้ากรมรักษา สัตว์น้ำ         และย้ายกรมรักษาสัตว์น้ำจากวังสุริยา (นางเลิ้ง) ไปตั้งอยู่ในอาคารที่เคยเป็นกรมเพาะปลูก บริเวณกระทรวงเกษตราธิการ

          ปี พ.ศ.2475 ประเทศไทยได้เปลี่ยนแปลงการปกครองจากระบอบสมบูรณาญาสิทธิราช  เป็นระบอบประชาธิปไตยแล้วก็ได้พระกรุณาโปรดเกล้าฯ  เจ้าพระยาวงษานุประพัทธ์  (ม.ร.ว.สท้าน สนิทวงศ์)  เป็นรัฐมนตรีว่าการกระทรวงเกษตรพาณิชยการ  โดยให้รวมกระทรวงเกษตราธิการกับกระทรวงพาณิชย์และคมนาคม เป็นกระทรวงเดียวกัน เรียกว่า กระทรวงเกษตรพาณิชยการ   แบ่งส่วนราชการเป็น 13 กรม มีกรมประมงรวมอยู่ด้วย  ในปี พ.ศ.2477 ทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯ ให้หลวงจุลชีพพิชชาธร (จุล วัจนคุปต์) เป็นอธิบดีกรมการประมง   ต่อมาได้มีพระราชบัญญัติปรับปรุงกระทรวงทบวงกรม แก้ไขเพิ่มเติม          แยกกระทรวงเกษตราธิการเป็นกระทรวงหนึ่งต่างหากจากกระทรวงเศรษฐการ     ในปี พ.ศ. 2487  นายจุล         วัจนคุปต์  ได้กราบถวายบังคมลาออกจากตำแหน่งอธิบดีกรมการประมง เพื่อไปเป็นผู้จัดการบริษัท ประมงไทย จำกัด  จึงทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯ   แต่งตั้งนายบุญ  อินทรัมพรรย์   ข้าราชการชั้นพิเศษ ดำรงตำแหน่งอธิบดีกรมการประมง  ตั้งแต่วันที่  10  ตุลาคม พ.ศ.  2487

          ในปี พ.ศ. 2896  กรมการประมงได้แบ่งส่วนราชการใหม่ โดยได้เพิ่มกองคุ้มครองขึ้นอีก 1 กอง  ตามประกาศใช้พระราชบัญญัติปรับปรุง กระทรวง ทบวง กรม พ.ศ.2496       กระทรวงเกษตรได้เปลี่ยนนามกรมต่างๆ คือ      กรมกสิกรรม        กรมประมง กรมปศุสัตว์  ในปี พ.ศ.2500 กรมประมงได้ย้ายที่ตั้งจากที่ทำการเดิมในขณะนั้น คือตึกกระทรวงศึกษาธิการเดิม  ไปตั้งรวมอยู่กับกระทรวงเกษตร ณ ถนนราชดำเนิน   จากการประเมินผลของการพัฒนาการประมงตามแผนพัฒนาเศรษฐกิจและ สังคมแห่งชาติทำให้ทราบว่า ยังเป็นอุปสรรคสำคัญทำให้การพัฒนาการประมงไม่อาจบรรลุผลตามเป้าหมายที่กำหนดไว้  ดังนั้นเพื่อเป็นการสนับสนุนและการช่วยเหลือ โครงการพัฒนาการประมงให้สามารถดำเนิน   ได้อย่างราบรื่นและ         สอดคล้องกับแผนพัฒนาเศรษฐกิจและสังคมแห่งชาติ      เมื่อวันที่  7 กุมภาพันธ์  พ.ศ.  2518   ตราพระราชกฤษฎีกาการแบ่งส่วนราชการกรมประมงขึ้นใหม่ อันเป็นผลให้กรมประมงต้องมีหน้าที่ความรับผิดชอบกว้างขวางมายิ่งขึ้น  กล่าวคือได้รัยมอบหมาย ให้มีหน้าที่ในการศึกษา วิจัย   ได้ทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯ    ค้นคว้าและทดลองเกี่ยวกับการเพาะเลี้ยงสัตว์น้ำ การบำรุงพันธุ์สัตว์น้ำ การรวบรวมข้อมูล สถิติ ความรู้เกี่ยวกับการประมง การอนุรักษ์ชลสมบัติ การพัฒนาเครื่องมือและอุปกรณ์การประมง ผลิตภัณฑ์สัตว์น้ำ อุตสาหกรรมสัตว์น้ำ รวมทั้งการสำรวจแหล่งประมง    ตลอดจนการส่งเสริมและเผยแพร่การเพาะเลี้ยงสัตว์น้ำ การจับสัตว์น้ำ งานอาชีพการประมงอื่นๆ  และการควบคุมกิจการประมงให้เป็นไปตามกฏหมายและ         สอดคล้อง กับแผนพัฒนาเศรษฐกิจและสังคมแห่งชาติ