ตามกฎกระทรวงแบ่งส่วนราชการกรมประมงกระทรวงเกษตรและสหกรณ์พ.ศ.2545ได้กำหนดให้
สถาบันวิจัยและพัฒนาพันธุกรรมสัตว์น้ำมีอำนาจหน้าที่ดังต่อไปนี้
(ก)ศึกษาค้นคว้าวิจัยพัฒนาเทคโนโลยีชีวภาพเพื่อจำแนกลายพิมพ์ดีเอ็นเอศึกษาโมเลกุลเครื่องหมายทำแผนที่ยีนและ
ปรับปรุงพันธุ์สัตว์น้ำและพรรณไม้น้ำ ผลิตและขยายพันธู์สัตว์น้ำและพันธุ์ไม้น้ำพันธุ์หลักและพันธุ์ขยายเพื่อให้ได้พันธุ์ดี
(ข) ดำเนินการตรวจสอบ รับรอง เก็บรักษาพันธุ์สัตว์น้ำและพรรณไม้น้ำ พันธุ์ปรับปรุงและพันธุ์ใหม่
(ค) ปฏิบัติงานร่วมกับหรือสนับสนุนการปฏิบัติงานของหน่วยงานอื่นที่เกี่ยวข้องหรือได้รับมอบหมาย
