มีวัสดุหลายชนิดที่นำมาใช้ในการทำเป็นปะการังเทียม หรือแหล่งอาศัยสัตว์ทะเล ทั้งวัสดุธรรมชาติ และวัสดุที่มนุษย์ทำขึ้นมา โดยอาจเป็นของเหลือใช้ หรือทำขึ้นใหม่ก็ได้แนวทางในการเลือกใช้วัสดุ ควรคำนึงถึง
1. Function ประสิทธิภาพในการดึงดูดและทำให้สัตว์น้ำเข้ามาอยู่ได้นาน
2. Compatibility ความเหมาะสมเข้ากันได้กับสภาพแวดล้อมทางทะเล
3. Durability and Stability มีอายุการใช้งานนานโดยยังคงประสิทธิภาพ และความเหมาะสมกับสภาพแวดล้อม ทางทะเล และมีความคงทนอยู่ในรูปร่างเดิม และสถานที่ที่ทำการจัดสร้าง
4. Availability สามารถจัดหาวัสดุได้ และนำไปจัดสร้างได้ ในราคาที่เหมาะสมคุ้มทุนการนำวัสดุใช้แล้ว หรือของเหลือทิ้งไปสร้างปะการังเทียม เป็นทางเลือกหนึ่งในการใช้ทรัพยากรให้เกิดประโยชน์สูงสุด

ตัวอย่างวัสดุที่ใช้ในการจัดสร้างแหล่งอาศัยสัตว์ทะเล

     ซากเรืออับปางในทะเล เป็นแหล่งที่มีสัตว์น้ำชุกชุม ทราบกันดีในหมู่ชาวประมง ตัวเรือทำจากวัสดุหลายชนิดเช่น เหล็ก ไม้ไฟเบอร์กลาส และ เฟอโรซีเมนต์ โดยเรือเหล็กจะดีที่สุดเนื่องจากอายุการใช้งานนาน มีน้ำหนักมากไม่เคลื่อนที่โดยง่ายการนำเรือเก่ามาใช้ทำปะการังเทียม ต้องทำความสะอาดคราบน้ำมัน และสารอื่นๆ ไม่ให้ปนเปื้อนสู่สภาวะแวดล้อมทางทะเล โดยถอดเครื่องยนต์ออกและล้างทำความสะอาดระบบท่อน้ำมัน รวมทั้งการถอดชิ้นส่วนที่ไม่จำเป็นออก
การเลือกสถานที่จัดสร้างต้องคำนึงถึงความปลอดภัย
      ด้านการเดินเรือ โดยเฉพาะการใช้เรือขนาดใหญ่ อาจเป็นอุปสรรคต่อการเดินเรือ ทำให้มีข้อจำกัดในการเลือกสถานที่จัดสร้างการลากจูงเรือไปยังสถานที่จัดสร้างและวิธีการจมเรือต้องคำนึงถึงความปลอดภัยในการดำเนินงาน อาจมีค่าใช้จ่ายเพิ่มมากขึ้นโดยต้องคำนึงถึงทิศและลักษณะของเรือที่จมอยู่ใต้น้ำด้วยควรให้หัวเรืออยู่ในลักษณะทวนกระแสน้ำและตั้งลำแบบเดียวกับที่ลอยอยู่เพราะจะสามารถรับน้ำหนักของตัวเรือเองได้ดีที่สุด

     ตู้รถไฟมีโครงสร้างหลักทำด้วยเหล็กทำการถอดหรือตัดชิ้นส่วนที่ไม่ต้องการออกไปหรือชิ้นส่วนที่สามารถนำไปใช้งานอื่นได้แล้วทำความสะอาดก็สามารถนำไปใช้ทำปะการังเทียมได้ และด้วยโครงสร้างมีน้ำหนักมากและมีช่องโพรงของประตูหน้าต่างอยู่แล้ว จึงแทบไม่ต้องตกแต่งเพิ่มเติมอีกมีข้อจำกัดด้านการลำเลียง ขนส่ง และจัดวาง เนื่องจากเป็นโครงสร้างขนาดใหญ่ มีน้ำหนักมาก
     ในประเทศไทย ใช้ตู้สินค้ารถไฟเก่าเป็นครั้งแรกในโครงการฟื้นฟูทรัพยากรชายฝั่งทะเล อันเนื่องมาจากพระราชดำริจังหวัดปัตตานีและนราธิวาส จัดสร้างในปี 2545 ที่จังหวัดปัตตานี โดยการรถไฟแห่งประเทศไทยมอบตู้รถไฟที่ไม่ใช้งานแล้วให้ จำนวน 208 ตู้ จากการติดตามผลสามารถดึงดูดสัตว์น้ำได้เป็นอย่างดี และมีสิ่งมีชีวิตเกาะติดที่พื้นผิวตู้รถไฟจนเต็ม

     เป็นท่อคอนกรีตที่ใช้ในงานระบายน้ำ เหลือใช้จากการขุดซ่อมแซมถนน มีทั้งท่อกลม ท่อเหลี่ยม และท่อพักน้ำ นำไปใช้ในการจัดสร้างปะการังเทียมได้เลย สำหรับท่อที่แตกร้าวไม่ควรนำมาใช้มีข้อจำกัดด้านการรวบรวมและพักกองวัสดุให้ได้จำนวนเพียงพอกับความต้องการกรมทางหลวงได้รวบรวมท่อคอนกรีตกลมใช้แล้วจากการซ่อมแซมถนนให้นำไปจัดสร้างปะการังเทียมในโครงการฟื้นฟูทรัพยากรชายฝั่งทะเล อันเนื่องมาจากพระราชดำริ จังหวัดปัตตานีและนราธิวาส โดยกรมประมงทำการจัดวางในปี 2545 ที่จังหวัดนราธิวาส จากการติดตามผลสามารถดึงดูดสัตว์น้ำได้ดีเช่นกัน แต่มีการซ้อนกันของแท่งวัสดุน้อยเนื่องจากมีผิวโค้งจึงซ้อนกันยาก

     มีปริมาณเหลือใช้มากทุกๆ ปี และคงทนในน้ำทะเลได้หลายปี แต่ต้องประกอบให้เป็นรูปทรงก่อนนำไปใช้ และสามารถดึงดูดสัตว์น้ำได้ดีแต่เนื่องจากมีน้ำหนักเบา จึงต้องถ่วงด้วยคอนกรีตเพื่อให้จมอยู่กับที่ และต้องผูกให้แข็งแรง ถ้าแตกขาดจากกันจะหมดสภาพการเป็นปะการังเทียม กลายเป็นขยะบนพื้นทะเล หรือถูกซัดขึ้นมาเกยบนชายหาด
     ยังมีข้อสงสัยเกี่ยวกับการปลดปล่อยสารปีโตรเคมีหรือโลหะหนัก สู่สภาวะแวดล้อมทางทะเล แต่ยังไม่มีการพิสูจน์ทางวิทยาศาสตร์ที่แน่ชัด และเปิดเผยรวมทั้งการสังเกตพบสิ่งมีชีวิตเกาะติดที่ผิวยางรถยนต์น้อยทำให้ถูกมองว่าเพียงแค่ดึงดูดสัตว์น้ำให้มาอยู่อาศัยเพียงชั่วคราวเพื่อประโยชน์ในการทำประมงเท่านั้น โดยไม่เกิดเป็นระบบนิเวศใหม่ ที่ให้ผลผลิตเพิ่มขึ้น ตามระบบห่วงโซ่อาหาร

     เป็นวัสดุที่ผ่านการออกแบบและทดลองใช้ในการจัดสร้างปะการังเทียมโดยเฉพาะแม้จะมีต้นทุนสูงในการจัดสร้างในระยะแรกแต่มีอายุการใช้งานนาน สะดวกในการลำเลียง ขนส่ง และจัดวางโดยการปล่อยจากผิวน้ำให้ตกถึงพื้นทะเล สามารถควบคุมการจัดวางให้ซ้อนทับกันได้สูง อยู่รวมกันเป็นกลุ่ม มีประสิทธิภาพในการดึงดูดสัตว์น้ำให้เข้ามาอยู่อาศัยเป็นเวลานานกรมประมง ได้เลือกใช้แท่งคอนกรีตสี่เหลี่ยม ขนาด กว้าง x ยาว x สูง ด้านละ 1.50 เมตร เป็นวัสดุมาตรฐานในการจัดสร้างปะการังเทียม มีน้ำหนักแท่งละประมาณ