1. แสง (Light) เป็นปัจจัยที่สำคัญที่สุดอย่างหนึ่ง เนื่องจากปะการังมีความสัมพันธ์แบบ Symbiosis  กับ Zooxanthellae ซึ่งเป็นสาหร่ายเซลล์เดียวที่อาศัยอยู่ภายในเนื้อเยื่อของปะการัง โดยทั่วไปเราสามารถพบปะการังอยู่ในระดับน้ำลึกถึง 50 เมตร แต่ในประเทศไทยมีอยู่เพียงไม่กี่แห่งที่สามารถพบปะการังได้ในที่ลึกขนาดนั้น เช่น หมู่เกาะสิมิลัน เป็นต้น

            2. อุณหภูมิ (Temperature) ปะการังเจริญเติบโตได้ดีในน้ำทะเลที่มีอุณหภูมิค่อนข้างสูงดังนั้นจึงพบแนวปะการังในทะเลเขตร้อนเท่านั้น อุณหภูมิที่เหมาะสมอยู่ในช่วงอุณหภูมิเฉลี่ย 23 – 28 องศาเซลเซียส การเปลี่ยนแปลงอุณหภูมิอย่างรวดเร็วจะส่งผลกระทบต่อปะการัง เช่น ทำให้ปะการังมีสีซีดลง   

            3. ความเค็ม (Salinity) ปะการังเติบโตในน้ำทะเลที่มีความเค็มประมาณ 30 – 36 ppt ดังนั้นน้ำฝนหรือน้ำจืดจากแผ่นดินที่ไหลลงมาเป็นปริมาณมากอาจก่อให้เกิดความเสียหายให้แก่แนวปะการังได้ เราจะไม่พบปะการังในบริเวณที่มีความเค็มต่ำ เช่น ปากแม่น้ำ

           4. ปริมาณตะกอนในน้ำ (Sadiment) จะมีผลยับยั้งการก่อตัวของแนวปะการัง เนื่องจากความขุ่นที่เกิดจากตะกอนแขวนลอยเป็นตัวลดปริมาณแสงที่ส่องลงใต้ผิวน้ำ ทำให้ Zooxanthellae สังเคราะห์แสงได้น้อยลง อัตราการสร้างหินปูนจึงลดลง นอกจากนี้เมื่อเกิดการตกตะกอนจะทำให้ปะการังถูกทับถมอยู่ภายใต้ตะกอน จึงไม่สามารถเติบโตหรือดำรงชีวิตอยู่ได้  ผลกระทบของตะกอนที่มีต่อปะการังแบ่งเป็น 4 รูปแบบคือ

                1) ตะกอนจะไปขัดขวางการหายใจของปะการังทำให้หายใจไม่ได้ (Smothering) ก่อให้เกิดความเสียหายเป็นวงกว้างต่อแนวปะการังและสิ่งมีชีวิตอื่นที่มีความไวต่อตะกอน
                2) ตะกอนจะไปขูดขัดถูปะการัง ทำให้ปะการังเกิดรอยสึกและถลอก (Abrasion) นอกจากนี้การขัดถูของตะกอนจะเป็นตัวจำกัดชนิดของปะการังที่จะสามารถมีชีวิตอยู่ได้ในบริเวณส่วนยอดของแนวปะการังน้ำตื้น
                3) ตะกอนจะบดบังการส่องผ่านของแสงลงสู่น้ำ (Shading) เป็นผลกระทบที่สำคัญที่สุด จะทำให้ลดการเจริญเติบโตของปะการัง และส่งผลกระทบต่อรูปแบบของเขตปะการัง (Zonation Patterns) และนำไปสู่การตายหมู่ของปะการังถ้าหากเกิดขึ้นเป็นเวลานาน
                4) ตะกอนจะขัดขวางการขยายพันธุ์ของปะการัง (Inhibition of Recruitment) โดยการตกตะกอนที่มากเกินไปจะขัดขวางการลงเกาะของตัวอ่อนปะการัง (Coral Larvae)

            5. คลื่นและกระแสน้ำ (wave and Current)  ปะการังต้องการพื้นที่ซึ่งมีน้ำไหลเวียนได้ดี แต่หากมีคลื่นรุนแรงปะการังส่วนใหญ่จะอาศัยอยู่ไม่ได้ คลื่นและกระแสน้ำยังมีผลต่อปัจจัยอื่นๆ ด้วย อาทิเช่น คลื่นทำให้ตะกอนทรายฟุ้งขึ้นมา คลื่นที่ซัดแรงจะเป็นตัวควบคุมลักษณะยอดของปะการังน้ำตื้นและการแพร่กระจายของปะการัง นอกจากนี้พายุ คลื่นลม จะมีบทบาทสำคัญในการกำหนดรูปร่าง/ลักษณะของปะการังด้วย

            6. ปริมาณออกซิเจนที่ละลายในน้ำ ( Dissolved Oxygen : DO) ปะการังหายใจโดยใช้ออกซิเจนที่ละลายในน้ำทะเล และยังได้ออกซิเจนที่เกิดจากผลของการสังเคราะห์แสงของสาหร่าย Zooxanthellae ในตัวปะการังเองออกซิเจนจะถูกใช้โดยการแลกเปลี่ยนก๊าซแบบธรรมดา (diffusion) ไม่มีระบบหายใจเป็นพิเศษ ดังนั้นปะการังจึงต้องการปริมาณออกซิเจนที่ละลายในน้ำค่อนข้างสูง