กองตรวจสอบคุณภาพสินค้าประมง มีอำนาจหน้าที่ดังต่อไปนี้
  • (1) ศึกษา ค้นคว้า และวิจัยเกี่ยวกับการพัฒนาสุขอนามัยและความปลอดภัยของ อาหารในกระบวนการผลิตของสถานประกอบการ และพัฒนาวิธีการตรวจวิเคราะห์คุณภาพสินค้า ประมงให้เป็นไปตามมาตรฐานสากล
  • (2) ควบคุม ตรวจสอบ และกํากับดูแลสุขอนามัยของสถานประกอบการ และ ความปลอดภัยของอาหารในกระบวนการผลิต ตลอดจนการจัดทําหลักฐานเพื่อการสืบค้นสินค้าประมง ให้เป็นไปตามกฎหมายว่าด้วยการประมง มาตรฐานสากล และข้อกําหนดของประเทศคู่ค้า
  • (3) ควบคุม ตรวจสอบ และกํากับดูแลคุณภาพและความปลอดภัยของสินค้าประมง ด้วยกระบวนการทางจุลินทรีย์ เคมี และกายภาพให้เป็นไปตามกฎหมายและมาตรฐานที่เกี่ยวข้อง
  • (4) ควบคุม ตรวจสอบ และกํากับดูแลที่เพาะเลี้ยงสัตว์น้ำและที่จับสัตว์น้ำ รวมทั้ง คุณภาพของสัตว์น้ำ
  • (5) ให้บริการห้องปฏิบัติการอ้างอิงด้านการตรวจวิเคราะห์คุณภาพสินค้าประมง แก่กรมและผู้ประกอบการผลิตสินค้าประมง รวมทั้งกํากับดูแลห้องปฏิบัติการของผู้ประกอบการผลิต สินค้าประมง
  • (6) จัดทําและรักษาระบบการตรวจสอบคุณภาพสินค้าประมงให้เป็นไปตามมาตรฐานสากล
  • (7) ให้บริการทางวิชาการ ถ่ายทอดเทคโนโลยี และให้คําปรึกษาแนะนํา ด้านการตรวจสอบและการควบคุมคุณภาพและความปลอดภัยของสินค้าประมง
  • (8) เจรจาและประสานงานด้านเทคนิควิชาการเกี่ยวกับระบบคุณภาพความปลอดภัย และหลักฐานเพื่อการสืบค้นกับประเทศคู่ค้า
  • (9) ปฏิบัติงานร่วมกับหรือสนับสนุนการปฏิบัติงานของหน่วยงานอื่นที่เกี่ยวข้อง หรือที่ได้รับมอบหมาย